廈門醫學，創建于1953年9月，由當時閩南唯一的公立護士學校-廈門護士職業學校、廈門醫士學校和廈門第二醫院護士學校合并而成，“文革”一度停辦，1972年復辦。辦學60年來，經過幾代人艱苦奮斗、自強不息、求真務實、開拓創新，初步建成了一所規模適度、結構合理、鮮明的醫學高等專科學校。建校以來，已培養二萬多名合格的衛生技術人才，為廈門及海西的醫療、衛生、教育事業做出了積極貢獻。2007年3月經國家教育部批準成立“廈門醫學高等專科學校”。

學校的前身是鼓浪嶼救世醫院于1900年開辦的附設醫學專門學校。

1953年9月，與廈門護士職業學校、廈門醫士學校和廈門第二醫院護士學校合并而成，校名為“鼓浪嶼醫院衛生學校”。

最初的校址在廈禾路336號，遷至廈禾路350號，1956年遷石泉路7 號，1958創辦廈門醫學院，廈門衛校石泉山校舍劃歸醫學院使用，廈門醫學中等教育改由各醫院舉辦。

1963年，“鼓浪嶼醫院衛生學校”遷到石泉路7號原廈門衛生學校舊址，恢復廈門衛生學校舊稱。“文革”期間，學校遭受嚴重沖擊，直至停辦。

1972年秋季學校復辦時，校名改稱為“福建省廈門衛生學校”，校址就確定在了白鹿路24號，從此，這塊土地就成為廈門培養中等衛生技術人才的搖籃。從學校創辦至今，先后開設過護士、助產士、西醫士、中醫士、口腔醫士、衛生財會與統計等專業，1979年招收過醫學大專班。

1985年在華廈基金會的贊助下開始籌建口腔醫院，作為學校的附屬醫院，90年醫院正式建成。

在1990年以后，學校獲得比較大的進步，上了兩個臺階，第一個臺階是在90年到92年，這個時期學校抓好各項基礎設施的建設，校容校貌更新，師生精神空前振奮起來，上第二個臺階是在93年至今，這個時期學校迅速發展，規模擴大，管理水、教學質量普遍得到提高。這幾十年來，學校畢業學生一萬多名，他們遍布全省各地，為人民健康事業做出了應有的貢獻，涌現出如全國衛生先進工作者林成水、全國模范護士陳珍霞等一大批優秀衛生技術人才。

2001年，經市政府批準在學校成立廈門醫學高等專科學校籌建處，負責組建廈門醫高專工作。

2001年10月廈門市政府辦公廳批準成立“廈門醫學職業技術學院籌建處”，并掛牌。

2002年廈門醫高專通過省高校設置評審委員會考察，經省長常務會、省委常委會議決定，報教育部驗收，醫高專已于2003年秋季開始招生。廈門醫學高等專科學校系廈門市政府舉辦，在廈門衛生衛生學校的基礎上籌建。

2002年5月，“廈門醫學職業技術學院”更名為“廈門醫學高等專科學校”。

2007年元月29日，全國高等學校設置評議委員會第五屆一次會議在哈爾濱市舉行，經過委員會專家投票表決，廈門醫學高等專科學校獲得通過。

在2007年3月16日傳來了又喜訊,根據中華人民共和國教育部教發函（2007）45號文件，同意在廈門衛生學校基礎上建立廈門醫學高等專科學校！

學校積極開展醫學高等教育，積累了一定的高等醫學教育教學和管理經驗。學校1979?1983年曾辦過臨床醫學大專班，從1998年起，學校先后與福建醫科大學、福建中醫學院、廈門大學醫學院聯辦口腔醫學、護理學、口腔工藝技術、臨床醫學、衛生信息管理等專科專業。幾所高校對學校開展了全面的考察與評估，進行多門學科抽考，他們一致認為學校完全能夠勝任醫學高職教育。通過醫學高職教育實踐，使學校積累了開辦大專層次醫學教育的經驗，初步掌握了醫學專科及高職醫學教育的規律，逐步探索出一條培養高等應用型衛生技術人才的路子。此外，學校還擁有以下許多較完善的臨床教學基地。